Criado em 1979, o CEPTA é um Centro Especializado do Instituto Chico Mendes da Conservação de Biodiversidade - ICMBIO.

Tem como finalidade a execução de ações voltadas à conservação e preservação de peixes continentais, gerar, sistematizar e disponibilizar informações para a gestão da biodiversidade de peixes continentais e seu papel no funcionamento e na manutenção dos ecossistemas aquáticos continentais, competindo-lhe realizar pesquisas científicas, desenvolver tecnologias e difundir informações.

Com jurisdição em todo território nacional, o Centro, para viabilizar seus objetivos, pode ainda implementar parcerias com instituições nacionais e internacionais, universidades, organizações não governamentais e com a iniciativa privada, buscando sempre a consecução de suas competências.