A elaboração do protocolo começou em 2007 e foi realizado de forma participativa envolvendo as comunidades situadas ao longo das áreas costeiras, instituições científicas e de pesquisa, e outros atores que podem participar ou notificar eventos de encalhe para as autoridades.

Um aspecto que merece destaque nessa iniciativa foi o envolvimento das entidades que atuam no Conselho da Unidade, reforçando aspectos técnicos com parcerias institucionais. Nos dois anos seguintes, o Instituto Chico Mendes realizou doze oficinas com informações técnicas, estudo dirigido, evento de simulação e avaliação. O protocolo para a Unidade foi desenvolvido tendo como referência as diretrizes da Rede de Encalhe e Informação de Mamíferos Aquáticos do Brasil e outros protocolos internacionais.Com o protocolo, é possível não só organizar a assistência aos animais vivos encalhados, mas promover o monitoramento dos animais liberados, colaborar para evitar os riscos à saúde pública devido à exposição a esses eventos, promover pesquisas relacionadas ao problema, orientar quanto à destinação adequada das carcaças quando não se consegue salvar o animal e estabelecer um plano de comunicação antes, durante e depois do encalhe. O esforço para a criação desse protocolo, de acordo com os gestores,foi crucial para garantir respostas rápidas e ações efetivas durante eventos de encalhes, resultando na educação pública em
relação a esses eventos, contribuindo também para assegurar a realização de estudos científicos através dos dados coletados na Área de Proteção Ambiental.

E se você ficou curioso com relação ao título deste texto, aí vão algumas informações importantes. Ao se deparar com uma baleia encalhada na Área de Proteção Ambiental da Baleia Franca, o primeiro passo é avisar as instituições responsáveis sobre o ocorrido, disponibilizando o maior número de informações, inclusive com fotos,que serão encaminhadas aos profissionais que vão atuar no caso. Outro ponto importante é tentar manter as pessoas a uma distância segura, devido ao perigo de acidentes: os animais encalhados estão em situação de debilidade física, que podem se tornar ariscos com a aproximação de pessoas e causar ferimentos. Animais domésticos,como cães e gatos, também precisam ficar longe do local. Ainda, se o animal estiver vivo, não tente devolvê-lo para a água e evite respirar
o ar expirado por ele.

Atualmente, a Unidade de Conservação coordena o Protocolo de Encalhes junto com o Centro Nacional de Pesquisa e Conservação de Mamíferos Aquáticos, Associação R3 Animal, Projeto Baleia Franca/Museu da Baleia, FUCRI/UNESC/Museu de Zoologia "Profª MorganaCirimbelli Gaidzinski", Marinha do Brasil, Policia Militar Ambiental e Corpo de Bombeiros de Imbituba. Devido ao seu envolvimento em eventos de encalhes, a Área de Proteção Ambiental tornou-se também membro da Rede de Encalhes do Sul do Brasil - REMASUL,coordenada pelo Centro Nacional de Pesquisa e Conservação de Mamíferos Aquáticos do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade.