Além de coordenar, executar e apoiar projetos de pesquisa, conservação e manejo de mamíferos aquáticos, o CMA participa de fóruns nacionais e internacionais que tratam de questões relativas aos mamíferos aquáticos, como a Rede de Encalhe de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB) e a Comissão Internacional da Baleia (CIB). Cabe ao Centro desenvolver, implantar e manter bancos de dados nacionais e internacionais sobre pesquisas e projetos de conservação e manejo de mamíferos aquáticos, além de subsidiar tecnicamente a adoção de medidas de conservação e manejo das espécies e auxiliar no manejo das Unidades de Conservação federais marinhas, costeiras e da bacia Amazônica.
O CMA coordena a implementação dos quatro Planos de Ações de Mamíferos Aquáticos do ICMBio ( PAN Cetáceos Marinhos, PAN Mamíferos Aquáticos Amazônicos, PAN Toninha e Peixe-Boi-Marinho ), além de promover cursos, seminários, reuniões técnicas e eventos de divulgação e intercâmbio científico relacionados ao tema.
