A sede está localizada na cidade de Santos-SP, onde funcionam os serviços técnicos administrativos e os setores técnicos responsáveis pela pesquisa e conservação de mamíferos aquáticos.
Endereço: Edifício Vistamar Premium Offices, Rua Alexandre Herculano, 197 - Gonzaga, Santos-SP, CEP: 11050-031 - Sala 1709.
Em 25 de maio de 2020, através da Portaria ICMBio Nº 554, de 25 de Maio de 2020, voltou a atribui a Base Avançada na Ilha de Itamarcá-PE ao CMA.
A BAV/CMA está localizada na Estrada do Forte Orange, s/n - Pilar, Ilha de Itamaracá - PE, 53900-000.
