Os primeiros registros de peixes-bois marinhos na costa brasileira datam da época do descobrimento e colonização do Brasil por portugueses a partir de 1500.
Em 1980 o Governo Federal passou a se preocupar com a situação do peixe-boi marinho, pois praticamente não havia dados mais recentes sobre a espécie no Brasil. Foi aí que, o Governo criou o Projeto Peixe-Boi, vinculado ao IBDF, que depois foi extinto, passando o Projeto aos cuidados do IBAMA. O objetivo do Projeto era avaliar o estado de conservação do peixe-boi no litoral brasileiro.
De 1980 a 1982, a equipe do Projeto percorreu a costa brasileira do norte do estado do Rio de Janeiro ao extremo oeste do Amapá e, através de cartas, questionários e algumas saídas de campo, e concluíu que a espécie caminhava para a extinção na região Nordeste, pois já havia desaparecido nos estados do Espírito Santo e Bahia.
Em 1990, o IBAMA, ao verificar a necessidade de expandir a proteção do peixe-boi para a espécie da Amazônia, criou o Centro Nacional de Conservação e Manejo de Sirênios - Centro Peixe-Boi, sediado na Ilha de Itamaracá/PE – uma unidade especializada do IBAMA, passando a executar ações também na bacia Amazônica.
O Centro Peixe-Boi realizou um segundo levantamento da ocorrência da espécie marinha no litoral norte e nordeste, entre 1991 e 1993. Durante o levantamento, conhecido por "Expedição Igarakuê" foram identificadas novas áreas de extinção da espécie e outras com avançada redução populacional, diagnosticando locais imprescindíveis para a conservação da espécie. Esses locais se tornaram bases do Projeto em 1993/94, em Alagoas e no Piauí.
A segunda década do Projeto foi marcada por grandes avanços no conhecimento da espécie marinha, principalmente no aspecto do status de conservação, do manejo de filhotes órfãos para reabilitação e da reprodução em cativeiro.
Como reconhecimento da importância de Centros Especializados em grupos taxonômicos para a conservação das espécies, o IBAMA, através de diversas reuniões técnicas, estrategicamente, em 1998, promoveu o Centro Peixe-Boi em Centro Nacional de Pesquisa, Conservação e Manejo de Mamíferos Aquáticos, abrangendo todos os mamíferos aquáticos que ocorrem no Brasil.
Com a criação do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade, em agosto de 2007, os centros especializados do IBAMA foram incorporados ao seu organograma, ficando o CMA vinculado ao ICMBio. Todos os Centros, no âmbito do ICMBio, passaram a realizar pesquisas e ações de conservação para conservação de espécies, biomas, cavidades subterrâneas ou populações tradicionais, de acordo com suas atribuições.
