Além de coordenar, executar e apoiar projetos de pesquisa, conservação e manejo de mamíferos aquáticos, o CMA participa de fóruns nacionais e internacionais que tratam de questões relativas aos mamíferos aquáticos, como a Rede de Encalhe de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB) e a Comissão Internacional da Baleia (CIB). O Centro desenvolve, implanta e mantém bancos de dados nacionais e internacionais sobre pesquisas e projetos de conservação e manejo de mamíferos aquáticos, também subsidia tecnicamente a adoção de medidas de conservação e manejo das espécies e auxilia na implementação e criação das Unidades de Conservação federais marinhas, costeiras e da bacia Amazônica.
O CMA coordena a implementação de Planos de Ações de Mamíferos Aquáticos do ICMBio, além de promover cursos, seminários, reuniões técnicas e eventos de divulgação e intercâmbio científico relacionados ao tema.
O CMA também possui uma Base Avançada com localização estratégica na Ilha de Itamaracá, litoral de Pernambuco. Em uma área de 33 hectares a base abriga laboratórios, blibliotécas e outros prédios que são usados para desenvolver a pesquisa e conservação do mamíferos aquáticos de todo o brasil.
